多核平台PAML并行算法研究
【出 处】:
【作 者】:
杨菊
[1] ;
吴卓锋
[1] ;
王刚
[1] ;
刘晓光
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【摘 要】
摘要:PAML是一款利用最大似然法进行系统发育分析的软件包,被广泛使用。然而,由于模型复杂、参数众多,PAMI。的计算过程非常耗时。对PAMLq-最重要的codeml程序进行了并行算法研究,通过算法分析和程序Profiling确定程序瓶颈。在此基础上,利用现代CPU的多核并行能力和SIMD并行机制优化程序瓶颈,从而提高了程序整体的运行速度。实际数据集和人工数据集上的实验表明并行算法有效提高了codeml的计算速度,加速比最高达7.94倍。
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